Olá, 4music!
Depende da forma que for feita.
1 - Editando o código do tema, afeta a atualização sim.
2 - Se for feito via JS, inserido no menu configurações > avançado do painel da sua loja virtual, não afetará a atualização da loja. Lembrando que mesmo sendo feito dessa maneira, você não fica livre de possíveis ajustes futuros quando atualizar o tema, mas se for feito da maneira correta dificilmente terá problemas.
